在組織申報環節，面向優青項目申請者的《項目指南》等引導性文件內容較為簡單，未能結合科技自立自強新形勢新要求提出明確政策導向，不利于引導科研人員更加主動把世界科技前沿同國家重大戰略需求和經濟社會發展目標結合起來。

優青項目評審專家最看中申請人以往的科研成就，對項目研究本身的創新性關注不夠，評審標準執行還不夠有效；目前評審專家來源仍不夠廣泛；近年一些學科領域存在“打招呼”現象，為此自然科學基金委于近期開展專項整治，人才遴選評審的公平公正性還需進一步提升。

項目資金結余經費普遍較多，資助標準與各學科科研實際需求存在一定偏差。

個別項目未按照任務書開展研究，研究成果與申請內容存在較大差異，仍正常通過驗收，結題驗收等考核評價較為寬松，個別科學部僅要求《結題報告》就即可通過驗收，“重申請、輕實施”，質量導向不夠突出，不利于充分保障項目實施成效。

有些科研單位視優青項目為人才“帽子”，將是否獲優青項目與職稱評聘、資源分配等直接掛鉤，不利于未獲項目資助的科研人員后續擁有平等從事科研工作的機會和公平競爭的環境。