截止2018年9月4日,中國學者總共在Cell,Science及Nature雜志發表了68篇生物科學相關的文章(2018年),已經趕超了去年的總數,涌現了一大批優秀的成果,如克隆猴,酵母單個染色體,剪切復合體成果等。iNature聯合100位PI/教授推出中國CNS生物科學指數(CCBSI)。眾專家及iNature團隊一致同意,暫時確定的規則如下(同時也歡迎大家留言討論):
【1】所有的文章是Article/Letter/Report研究型文章,不包括綜述;
【2】Cell,Natue及Science單篇文章的權重設為10;
【3】如果通訊作者掛了多個單位,只看排名最靠前的1個單位;
【4】如果通訊作者只有一個,那么該第一單位得分是10分;
【5】如果通訊作者存在多個,那么第一通訊作者單位按其他非第一通訊作者單位的2倍計算(比如有2個通訊作者,那么第一通訊單位得分6.7,非第一通訊作者單位得分3.3;如果有3個通訊作者,則第一通訊單位得分5,其他2個非第一通訊單位各得分2.5;之后以此類推);
【6】如果通訊作者單位與第一單位不一樣(經過估計,這大約會出現1-2%的概率),那么第一單位記為2倍積分;
【7】通訊作者越多,第一通訊單位得分越低。
1.總體情況
經過系統分析,我們發現,對于這68篇文章總共有35個中國的通訊單位(中國科學院合并成一個單位),其中中國科學院得分最高,到達了168.9,之后就是清華大學,北京大學,浙江大學,復旦大學,具體排名如下(圖1所示):
圖1.總體排名情況
2.合作情況
對于這68篇文章,我們發現有37篇文章只有1個通訊機構,這很大部分都集中在結構領域;而剩下的31篇文章主要是多機構合作完成。
3.中科院
由于中科院機構眾多,我們就把中科院進行細分,我們發現,生物物理所排名第一,之后就是上海生科院,遺傳發育所,上海藥物所等(圖2所示)。
圖2.中科院排名情況
4.典型文章解析
【I】3000多份水稻測序,推動中國水稻領域跨越式發展
2018年4月26 日,國際頂級期刊《自然》雜志長文發表由中國農業科學院作物科學研究所牽頭,聯合國際水稻研究所、上海交通大學、華大基因、深圳農業基因組研究所、安徽農業大學、美國亞利桑那大學等16家單位共同完成的“3010份亞洲栽培稻基因組研究”。
該研究針對水稻起源、分類和馴化規律進行了深入探討,揭示了亞洲栽培稻的起源和群體基因組變異結構,剖析了水稻核心種質資源的基因組遺傳多樣性。這一重大成果將推動水稻規模化基因發掘和水稻復雜性狀分子改良,提升全球水稻基因組研究和分子育種水平,加快優質、廣適、綠色、高產水稻新品種培育。該研究是國內外水稻研究專家大協作的重大成果,體現了中國農業科學在水稻基因組研究方面居于世界領先位置,并擴大了我國水稻功能基因組研究國際領先優勢。在擴大開放的大背景下,重大數據共享和重大項目合作,為我國乃至全球農業研究水平帶來更大的飛躍。
原文鏈接:
https://doi.org/10.1038/s41586-018-0063-9
【II】克隆猴的誕生
中國科學院神經科學研究所孫強團隊24日下午在北京宣布,團隊經過5年的不懈努力,突破了體細胞克隆猴的世界難題,成功培育出世界首個體細胞克隆猴。這標志著中國將率先開啟以獼猴作為實驗動物模型的時代。
2017年11月27日世界上首個體細胞克隆猴“中中”在中科院神經科學研究所、腦科學與智能技術卓越創新中心的非人靈長類平臺誕生;12月5日第二個克隆猴“華華”誕生。兩只克隆猴均為雌性。在科研人員精心呵護下,截至目前,兩只小猴子的各項身體指標均很正常,發育狀態良好。
【III】組蛋白去甲基化酶KDM6B調節海龜物種的溫度依賴性性別決
定爬行動物中的性別決定是一個復雜的事情,因為孵化溫度和基因在許多物種中相互作用以調節性發育并決定性命運,雄性或雌性。一個尚未解決的中心問題是,什么樣的分子機制可以使溫度如此深遠地影響決定性別的發育途徑?在具有遺傳性別決定的物種中鑒定一個主要決定性別基因的手段已經很成熟 - 在性染色體上鑒定基因,證明哪些在發育早期在雄性和雌性胚胎中差異表達,并操縱它們的表達以證明逆轉性別。鑒別溫度依賴性性別決定(TSD)的機制并非如此。溫度可以影響許多涉及性分化的常染色體基因,即使那些外周參與的基因,只要它們的改變的表達能夠逆轉性別即可。難怪在TSD在爬行動物中被發現后的50年里,我們對TSD機制的理解還沒有進展。
葛楚天等研究組顯示在26°C(所有后代發育成雄性的溫度)下Kdm6b的敲除觸發了80%以上存活胚胎中的雄性對雌性的性逆轉。 KDM6B通過消除H3K27在其啟動子附近的三甲基化直接促進雄性決定基因Dmrt1的轉錄。另外,Dmrt1的過表達足以拯救Kdm6b破壞引起的性反轉。本研究建立了龜類物種表觀遺傳機制與溫度依賴性別決定之間的因果關系和直接遺傳聯系。
5.文章列表(其中紅色加粗的為第一通訊單位,按時間依次排序,圖3所示)
圖3.文章列表
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